Från och med 2013 finns det ingen tydlig klassificering av genetiskt modifierade livsmedel, och olika klassificeringar kan göras enligt olika standarder enligt praxis.
Beroende på om det genetiskt modifierade livsmedel innehåller genetiskt modifierad källa som standard kan det delas in i följande tre olika typer:
(1) Genetiskt modifierade livsmedel som inte innehåller genetiskt modifierade livsmedel avser livsmedel som härrör från genetiskt modifierade organismer, men själva produkterna innehåller inga överförda gener.
(2) Genetiskt modifierade livsmedel innehåller genetiskt modifierade ingredienser, men deras egenskaper har ändrats under bearbetningen och de överförda aktiva generna finns inte längre i genetiskt modifierade livsmedel.
(3) Genetiskt modifierade livsmedel innehåller aktiva genetiska komponenter. När människor har ätit sådana genetiskt modifierade organismer eller livsmedel kommer de överförda generna och organismernas inneboende gener att påverka människokroppen.