De som motsätter sig genetiskt modifierade livsmedel involverar ett brett spektrum av intressegrupper, från Greenpeace till bondeföreningar till kristna kyrkor och så vidare. Deras motstånd är koncentrerat till tre områden:
För det första är genetisk modifiering emot naturen och därför skadlig. Supportrarna svarar att dagens grödor inte längre är primitiva sorter, annars borde grönsakerna som människor äter vara desamma som gräset som djur äter.
För det andra, efter att gener med herbicidresistens eller giftiga skadedjursdödande funktioner introduceras i växter, är maten de ger säker för människor? Som svar på detta betonade anhängarna att hittills har inga kvalificerade forskningsinstitutioner funnit bevis för att genetiskt modifierade livsmedel skadar människors hälsa, men deras långsiktiga effekter kan bara härledas, och det är svårt att få omfattande bevis för att övertyga människor.
För det tredje, är det möjligt att främjandet av genetiskt modifierade växter alltför hastigt påverkar jordbruket och den ekologiska miljön? Främjandet av genetiskt modifierade grödor som är resistenta mot herbicider kan uppmuntra jordbrukare att överanvända herbicider, vilket leder till att vissa icke-huvudgrödor skadas eller till och med utrotas. Många jordbrukare i utvecklingsländerna har använt sådana icke-huvudgrödor som kompletterande livsmedel eller som foder. U.S. Fisheries and Wildlife Administration har upptäckt att 74 växtarter påverkas av herbicider och är hotade.