Högpresterande flytande kromatografi (HPLC)

Även om tvådimensionell gelelektrofores (2-DE) är en vanlig metod för att analysera hela proteomen, har den begränsningar som begränsad separationsförmåga, diskriminerande effekt och komplicerade driftsprocedurer. Det är ofta svårt att få tillfredsställande resultat för analys av stort dynamiskt omfång, lågt överflöd och hydrofobiska proteiner. Chong et al. använde HPLC/masspektrometri för att jämföra och analysera differentialuttrycket av pre-maligna och cancerproteiner. Proteinet separerades av HPLC, och de insamlade fraktionerna identifierades av MALALDI-TOF-MS, så att proteinet analyserades kvantitativt i differentialuttrycket av de två typerna av celler. Som en ny typ av separationsteknik har flerdimensionell vätskekromatografi inte begränsningen av relativ molekylär massa och isoelektrisk punkt. Genom kombinationen av olika lägen eliminerar det den diskriminerande effekten av tvådimensionell gelelektrofores. Den har egenskaperna hos hög toppkapacitet och enkel automatisering. Tvådimensionell jonutbyte-omvänd faskromatografi (2D-IEC-RPLC) är det vanligaste flerdimensionella vätskekromatografiseparationssystemet inom proteomikforskning.