Proteomik fokuserar på den dynamiska beskrivningen av genreglering, kvantitativ bestämning av proteinnivåer av genuttryck, identifiering av sjukdomars och drogers effekter på livsprocesser och förklaring av mekanismen för genuttrycksreglering. Som vetenskap är proteomikforskningen inte från noll Initialt är det en förlängning av proteinprofilen (peptid) och genproduktkartläggningstekniken som har använts i mer än 20 år. Peptidkartläggning bygger på tvådimensionell gelelektrofores (2-DE) och ytterligare bildanalys; och gen Produktprofilen beror på en mängd olika analyser efter separation, såsom masspektrometri, aminosyrakompositionsanalys etc.
På grund av förekomsten av variabel redigering och RNA-redigering kan många gener uttrycka en mängd olika proteiner. Därför är proteomens komplexitet mycket högre än genomens komplexitet.
Om hela genomsekvensen av en art har dechiffrerats betyder det inte att proteomen för den arten också har dechiffrerats. Den specifika analysen av en gens proteinprodukt bör bestämmas genom att genomnivån, transkriptionsnivån och översättningsnivån ändras på ett omfattande sätt.