Det finns två huvudaspekter, den ena är strukturell proteomik och den andra är funktionell proteomik. Dess forskningsgränser är grovt indelade i tre områden:
(1) Upprätta proteom- eller subproteomgruppen och dess proteomlänkningsgrupp för organismer eller vävnadsceller med anknytning till genom- eller transkriptomdatabasen, dvs.
(2) Utföra lokal proteomik eller jämförande proteomik av viktiga fysiologiska och patologiska system eller processer för viktiga livsprocesser eller större sjukdomar hos människor.
(3) Att studera interaktionen mellan proteiner genom en mängd olika avancerade tekniker och kartlägga proteinerna i ett visst system, det vill säga interaktiv proteomik, även känd som "cellatlas" proteomik.
Dessutom, med fördjupning av proteomikforskning, har några nya forskningsanvisningar dykt upp, såsom subcellulär proteomik och kvantitativ proteomik. Proteomik är en viktig forskningsmetod för systembiologi.