Begreppet proteom föreslogs först av Marc Wilkins. Det hänvisar till alla proteiner som uttrycks av ett genom (genom), eller en cell eller vävnad. Begreppet proteom har många skillnader med begreppet genom. Organisationen och till och med miljöförändringen förändras. Under transkription kan en gen splitsas i flera mRNA-former. Ett proteom är inte en direkt produkt av ett genom. Antalet proteiner i proteomen kan ibland överstiga antalet genomer. Proteomics är i en tidig" utveckling" stat. Experter inom detta område förnekar att det är en ren metod. Precis som genomik är det inte ett slutet, konceptualiserat och stabilt kunskapssystem utan ett fält.
