Fluorescensmikroskop och vanligt mikroskop har följande skillnader
1. Belysningsmetoden är vanligtvis epi-belysning, det vill säga ljuskällan projiceras på provet genom objektivlinsen;
2. Ljuskällan är ultraviolett ljus, våglängden är kortare och upplösningen är högre än för vanliga mikroskop;
3. Det finns två speciella filter. Den framför ljuskällan används för att filtrera bort synligt ljus och den mellan okularet och objektivlinsen används för att filtrera bort ultravioletta strålar för att skydda mänskliga ögon.