De bor i allmänhet i områden med frodiga vattenväxter och vass nära floder, sjöar och träsk, och några av dem bor på en höjd av 2400 meter.
Flodhästar är halvlevande däggdjur som vanligtvis lever i grunda sjöar, floder och träsk. Vattnet måste vara tillräckligt djupt för att flodhästen ska kunna dränka hela kroppen i vattnet. I allmänhet är det bäst att använda vatten ca 2 meter djupt. Under dagen föredrar flodhästar att sova i grunt vatten, eller ibland sova på täta mudflats. Det är i dessa vatten som parning och förlossning sker. När det inte finns något grunt vatten är flodhästen i djupare vatten och kan andas endast genom att lämna näsborrarna ovanför ytan. Flodhästen kom upp ur vattnet i skymningen, gick i land för mat och gick sedan ner för en välbekant stig, vanligtvis mindre än 1,6 kilometer, längs vattenbanken till den täta betesmarken.