Patogen är ett samlingsbenämner för mikroorganismer och parasiter som kan orsaka sjukdom. Mikroorganismer står för de allra flesta, inklusive virus, klamydia, rickettsia, mykoplasma, bakterier, spirochetes och svampar; parasiter inkluderar främst protozoer och maskar. Patogener är parasitiska organismer, och de naturliga värdarna som parasiteras är djur, växter och människor. Det finns mer än 400 typer av mikroorganismer som kan infektera människor, och de är allmänt närvarande i mänsklig mun, näsa, sårhuvuden, mag-tarmkanalen, urogenitala systemet och huden.
Alla kan smittas av mer än 150 typer av patogener i sitt liv. Under förutsättning av normal mänsklig immunfunktion kommer de inte att orsaka sjukdom, och vissa är till och med fördelaktiga för människokroppen. Till exempel kan tarmfloran (E. coli, etc.) syntetisera flera vitaminer. Förekomsten av denna flora kan också hämma reproduktionen av några mer patogena bakterier, så dessa mikroorganismer kallas normal mikrobiota (normal flora). Men när kroppens immunitet reduceras är balansen mellan människor och mikroorganismer När den förstörs kan den normala floran också orsaka sjukdomar, så de kallas också villkorliga patogener (villkorliga patogener). Om kroppen attackeras av en patogen eller inte, å ena sidan, är relaterad till sin egen immunitet, å andra sidan beror det också på patogeniciteten hos patogenen och antalet invasioner. I allmänhet, ju större antal, desto större är risken för sjukdom. I synnerhet kräver patogener med svagare patogenicitet en större mängd för att orsaka sjukdom. Några mikroorganismer är ganska patogena och kan orsaka sjukdom med lätta infektioner, såsom pest, smittkoppor och rabies.